Exchange Online PowerShell V3 モジュール (バージョン 3.0.0 以降) は、V2 モジュール(バージョン 2.0.5 以前)は、接続方式が異なります。
・バージョン 2.0.5 以前 : リモート PowerShell コマンドレット (RPS)
・バージョン 3.0.0 以降 : REST API コマンドレット
V3 モジュールでは REST API によって接続が行われるため、V3 モジュールにて "Connect-ExchangeOnline" コマンドレットの "UseRPSSession" を利用することで、RPS セッションを張った接続を行うことができますが、"UseRPSSession" の利用が廃止されますので、結果として "New-PSSession" および、"New-PSSessionOption" を利用しての接続ができなくなります。
なお、"New-PSSessionOption" コマンドレットでインターネットオプションのプロキシ設定を利用 する手法 (-ProxyAccessType IEConfig など) がありますが、V3 モジュールではインターネットオプションのプロキシ経由での接続を行っている動作を確認していますので、接続時に New-PSSessionOption を実行する必要がありません。
そのため、"New-PSSessionOption"は利用できなくなりますが、v3 モジュールを利用するようになるため、利用する必要もないと思います。