Powershellのコマンドレットを利用中に "エラーが原因で、ドメイン コントローラーの現在のセットが変更されました。" のエラーが発生した場合についてご紹介していきたいと思います。
このエラーについては、Windows PowerShell または管理センターから複数ユーザーに対して一括で設定を行った際に、サーバーに負荷がかかり処理が遅くなったことを示す一時的なメッセージであることを確認しております。
コマンドレット実行時に本エラーが発生した際には、時間をあけてからコマンドレットを実行するか、Exchange Online へ再接続を行った後にコマンドレットを実行することで、回避できると思います。
そのため、重大なエラーではありませんのでご安心ください。